После упразднения (вероятно, в 1500 году) самостоятельной Брянской Епархии Кафедральный Собор был переведен из Спасо-Гробовского храма в древний Покровский храм, находящийся в Брянской крепости. С этого времени он был наименован Брянским Покровским собором.

Покровский храм находится в центре современной Покровской Горы, которая получила название от построенного в городской крепости храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы.

Богослужения в храме возобновились с 24 мая 1991 года, после освящения верхнего храма Епископом Орловским и Брянским Паисием. 25 февраля 1995 года Архиепископ Брянский и Севский Мелхиседек освятил нижний храм во имя Святителя Алексия, Митрополита Московского. 9 февраля 1996 года был освящен придел во имя Преподобных Олега и Поликарпа Брянских.